安大略省癌症研究所使用开源云来帮助癌症研究

加拿大癌症研究人员声称，通过将开源软件与商品硬件结合起来，他们可以在现场访问公共云的资源，比亚马逊提供的成本低60％，并有助于加快科学突破的步伐。

例如，安大略省癌症研究所（OICR）专注于加速患者从新出现的癌症研究结果中受益的时间，通过滚出新的治疗和诊断工具。

OICR是一家非营利组织，通过加拿大安大略省政府的资助，与国际癌症基因组联盟和全球基因组学和健康联盟联系。

与全球各地的研究团队国际合作在OICR工作中发挥着重要作用，并且通过该研究所的基于云的癌症基因组协作，可以实现。

2014年推出的资源专门在开源上运行，openstack，Ceph，Ansible和Linux是在许多用于运行它的技术中，与高密度商品服务器硬件相结合。

ITComprises 2,600核心，18TB的RAM，7.3PB存储（CEPH管理），670TB受保护的癌症基因组数据，由癌症研究团队进行分析目的。

在OICR的高级云建筑师乔治Mihaiescu北部Opantack峰会上对电脑举行的电脑周刊说，该协作是为了开辟了研究人员需要向医学界对癌症理解的数据进行开辟访问。

例如，通过癌症基因组测序产生的数据集是巨大的，这使得研究人员难以下载和存储他们需要进行工作所需的信息。

协作帮助研究人员通过作为数据的集中存储集线器来帮助解决这些问题，同时为它们提供计算资源，以自行服务为基础进行分析。

“在研究人员的一个地方拥有很多节省的节省，因为它基本上将它们节省了下载此数据和预算的时间，因为它们不必仅仅构建本身即可使用它几个月或其他几个月，“Mihaiescu说。

MihaiesCu表示，自助服务方面旨在为研究人员提供类似的用户体验，仿佛与公共云提供商接触以访问所需的计算能力，但是MihaiesCu表示，以更低的成本。

“我们向[研究人员]为使用，使用与云提供商相同的计费模型，只是我们拥有的价格约为领先的云提供商的40％，使其更便宜地进行分析合作比在亚马逊云中，“他说。

OICR决定在开源软件上建立协作的决定使得这是可能的，加上它在商品硬件上运行的事实，这是内部支持的。

“因为我们使用开源，我们不仅可以排除和实现我们需要和想要的功能，我们也可以自己支持它，我们可以在商品硬件上安装它，这为我们提供了建设环境的非常低的成本 - 以及这一点低成本意味着我们可以增加更多的容量，“Mihaiescu说。

“如果我们使用付费分发[OpenStack]，我们无法做到这一点，在那里您基本上支付硬件，支持和许可支付，以及您所需的越多，您的支付越多，因为这一切都会越多带走能力和研究的预算。“

他说，OICR团队也可以创造一个量身定制的环境，考虑到巨大的存储和计算力量所需的储存力量，他说。

“我的背景不在生物信息学或癌症研究中 - 我的背景纯粹是在其中的中，”Mihaiescu说。“但是，在一开始，我帮助管理了一些他们正在进行这种类型的分析工作的环境，因此我能够在这些虚拟机上进行系统监控。

“我可以看到这些[工作负荷]的压力类型，所以当我开始设计阶段时，我知道什么是重要的，要关注的是什么以及我可以消失的是什么，并且基本上是如何制作这种环境和定制它用于癌症研究。“

因此，该设置使研究人员访问最多30个核心的虚拟机，该虚拟机也配备了244GB的RAM和超过5TB的存储空间。

“在亚马逊中，例如，具有八个核心的类似实例，例如，内存要少得多，因为它们没有为这种类型的用例设计它，但对于更普遍的云计算，”他说。

这是OICR团队的承诺使用开源，最近开始包装并分享协作的组成部分，以便通过启动其拔出倡议来利益。

“许多工具可用于构建类似的基因组学门户和系统，以便安全地下载受保护数据，”MihaiesCu添加。“不仅适用于基因组数据，而且还用于临床数据或您想要以安全和控制的方式分享一组研究人员的数据。”